广东医科大学法医学系前身是法医学教研室，成立于2004年，2005年开始招收法医学专业本科生，已为省内外输送了大量应用型优秀法医人才。法医学系现有专职教师6人，博士比例100%，其中高级职称5人，5人入选省司法鉴定专家库，4人担任省司法鉴定协会专业委员会副主任委员或理事，另有教辅1人，技术员1人。师资队伍集院校和公安系统法医之专长，教学紧密联系实践，构建了基于超星智慧教学系统的线上教学平台，践行线上线下混合式教学及小组CBL案例讨论等多种教学方式。多人获国家、校级或院级各种教学比赛一、二、三等奖，获“中华医学会教育技术优秀成果奖”三等奖，毕业生对学校教学满意度多年名列全校各专业前茅。2023年入选广东医科大学标杆专业教学团队。
近年来，法医学专业在教学改革及专业人才培养取得了较好成效，共获省级或校级教学项目10余项，其中2020年获校级课程思政示范专业，2021年为校级省一流本科专业培育专业，2022年及2023年《法医病理学》分别获校级课程思政示范课程及校级一流本科课程；实行“三早”教育改革，开设应用型卓越法医人才特色班，2022年获全国大学生基础医学创新研究暨实验设计大赛法医赛道铜奖。科研上累计承担省自然科学基金及市厅级项目十余项，主编或参编多部教材、专著，近年发表SCI及中文期刊论文十余篇，部分研究成果被法医本科统编教材收录。
法医学系拥有法医物证实验室、法医病理实验室、法医病理诊断室、法医病理尸体解剖室、硅藻检验室以及法医病理及法医物证学生实验室等。2009年依托法医学系成立司法鉴定中心，开展法医病理、法医临床、法医物证等司法鉴定服务，2016年通过CNAS国家实验室认可，2022年全省司法鉴定机构诚信等级评估为A级，形成一个高水平、有一定社会影响力的权威司法鉴定机构。此外，在广东省及福建晋江市公安机关共建法医实践教学基地11家。为法医学专业人才培养提供了良好的实践教学平台。