广东医科大学基础医学院生物技术系，创办于2016年，以培养德、智、体、美、劳全面发展，适应我国生物技术现代化发展需要的、具有医学背景、掌握现代生物学和生物技术的基本理论、基本知识和基本技能，基础知识扎实，动手能力强，具有创新精神，能在生物医药、医疗卫生、环境保护、药品食品等部门企事业单位和科研机构或高等学校从事生物技术产品研究开发、生产制造、科学研究、教学工作或行政管理等工作的应用型高级专门人才。每年招生规模60余人，目前在校生240余人。
生物技术专业依托我校生物学和基础医学两个一级学科而建立，师资力量雄厚。生物技术系现有教师13人，全部具有博士学位，其中教授4人、副教授5人和讲师4人；其中博士生导师2人，硕士生导师8人；具有海（境）外留学背景7人；南粤优秀教师1人，东莞市优秀教师1人。所有教师除完成教学任务以外均承担一定的科研任务，2016年以来承担国家自然科学基金8项，广东省自然科学基金10项，发表科研论文60余篇，其中SCI论文30多篇，授权发明专利3项。
生物技术系本科阶段的专业基础课程有普通生物学、生理学、细胞生物学、医学遗传学、医学微生物学、医学免疫学、病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学等。开设的专业课程包括：基因工程学、蛋白质与酶工程、微生物工程、抗体工程、细胞与组织工程学、生物工程下游技术、生物技术制药、生物制品学、生物技术综合实验、生物信息学等。各门专业课程都有专门的课程负责人，建立了规范的教学管理制度。
生物技术系拥有生物技术综合实验室、基因工程实验室等4个专业实验室。面积超过300m2，配备有超低温冰箱、凝胶成像系统、核酸蛋白测定仪、PCR仪、台式冷冻离心机、实验室制冰机、全自动蒸汽灭菌器、大容量恒温摇床、倒置显微镜、荧光显微镜、二氧化碳培养箱、酶标仪、电转仪和小型发酵罐等仪器设备，总额超过800万元，能满足生物技术专业本科教学的需要。设置了高比例的实验课内容，占总课时的35.9%。实验课内容涵盖了生物技术的基本领域，包括了实验室常规技术与知识、分子生物学技术和细胞生物学技术等众多方面。生物技术综合实验室已申请成为了东莞市重点实验室建设单位。
生物技术系已经与深圳市亚辉龙生物科技股份有限公司、东莞博奥木华基因科技有限公司、广州科方生物技术股份有限公司和珠海中科先进技术研究院等20余家企业、医院或研究院建立了实习基地，校企联合指导学生毕业论文，协同开展科研合作并进行科研成果转化。部分企业已经签订了专业硕士研究生培养基地协议，合作形式和内容不断深化。实习基地也是学生就业的去向，通过校企的共同培养和良好协作，保证了学生的就业率始终名列学校前茅。
生物技术系通过开展“卓越型”人才培育计划（卓越班），建立本科生导师制等方式，使本科生在大学1年级即进入科研导师的学术团队，接受学术熏陶和基本实验技能培训；从大学2年级开始，逐渐接触并承担导师的科研课题或自选课题，开展专业化的科研实验；同时组织申报大学生创新实验项目，举办生物技术专业实验设计大赛和大学生学术沙龙等，加强学术交流和师生联动，培养学生的实践技能和专业素养，提高本科生的科研能力。